Interview met Gert Sikkema, postdoc bij het ProTRAIT-project

Wie ben je?

Ik ben Gert Sikkema, 45 jaar en sinds 1 februari werkzaam voor het ProTRAIT-project binnen het UMCG. Hiervoor heb ik gewerkt als sterrenkundige aan het Kapteyn Instituut (RuG). Als sterrenkundige werkte ik veel met grote hoeveelheden data, automatisering  en met ‘images’. Dit komt ook terug in mijn werkzaamheden bij radiotherapie.

Wat is jouw functie binnen het ProTRAIT project?

Ik ben aangesteld als postdoc met als doel een IT-infrastructuur te bouwen voor onderzoekers. Hiermee kunnen uiteindelijk NTCP-modellen op een efficiënte manier getest worden, gebruik makend van zoveel mogelijk automatisering. Het moet daarbij voor gebruikers veel gemakkelijker worden om de data te vinden en er mee te werken. Daartoe bouwen we onder andere tools binnen een ‘workspace’.

Hoe is de stand van zaken?

Momenteel ben ik bezig met een tool dat automatisch importeren van klinische patiënt data mogelijk maakt, in een systeem dat OpenClinica heet. Dit systeem wordt straks met radiotherapiedata gekoppeld, zodat er op een makkelijke manier onderzoek gedaan kan worden. Hiervoor heb ik een DVH-berekeningstool geïmplementeerd, dat binnen de workspace geactiveerd kan worden (DVH is Dosis Volume Histogram). Om alles te testen gebruiken we een klinische trial. Dit behelst klinische- en radiotherapiedata van enkele honderden patiënten. We willen deze data automatisch in het systeem krijgen in plaats van alles met de hand te doen. Daarna kunnen we onze gebouwde infrastructuur en tools op deze data testen. Het DVH-tool zal straks met een druk op de knop voor een willekeurig groot aantal patiënten gelanceerd kunnen worden. Waarbij de resultaten binnen enkele minuten bekend zijn, in plaats van één computer een heel weekend te laten rekenen.

Hoe lang werk je aan dit project?

Het project wordt bekostigd door het KWF en heeft een lengte van drie jaar. Het einde is in februari 2021. Op dit moment zijn alweer negen maanden voorbij en het project is goed op stoom.